Nació el 5 de Julio de 1979, en el aniversario del nacimiento de Guru Padmasambhava, en Dehra Dun, U.P. India. Es el hijo menor de S.S. Gongma Trichen.
Durante su niñez, junto con su hermano mayor, S.S. Sakya Trizin 42º, estudiaron textos religiosos, lectura, escritura, gramática, memorización de oraciones y rituales importantes bajo la tutela del Ven. Rinchen Sangpo.
Después ingresó en el Sakya Centre, el monasterio principal y asiento de su noble padre Gongma Trichen (Su Santidad Sakya Trizin 41º), donde aprendió todos los rituales y oraciones básicos durante varios años.
Completó sus estudios y adiestramiento en el Sakya Centre e ingresó en el Sakya College donde amplió sus estudios en filosofía Budista durante los cinco años siguientes.
Durante su vida de estudiante, participó en las diferentes ceremonias religiosas que se celebran anualmente en el Sakya Centre. Ha recibido numerosas iniciaciones mayores y también muchas enseñanzas comunes y no comunes de su noble padre Su Santidad Sakya Trizin 41º y de muchos Vijradharas, tales como Su Santidad el XIV Dalai Lama, Kyabje Chogey Trichen Rimpoche, Kyabje Luding Kenchen Rimpoche, Kyabje Dungsay Ratna Vajra Rimpoche, Kyabje Luding Khen Rimpoche y el fallecido Kyabje Deshung Rimpoche, etc.
Ha realizado múltiples giras de enseñanzas por todo el mundo y ha visitado España en varias ocasiones; es un maestro que transmite la profundidad de las enseñanzas del Buddha con un estilo accesible, cercano y contemporáneo. Asimismo lidera y gestiona numerosos proyecto benéficos sociales y el Proyecto Academia Sakya para formar a novicios y preservar las enseñanzas del Dharma.
Está casado con S.E. Dagmo Sonam Palkyi, la cual desciende de una familia de noble linaje, sobrina del renombrado Maestro Nyingma y Tertön Namkha Drimed Rimpoché, quien la educó y la cuidó desde que era una niña.
S.E. Khöndung Gyana Vajra Rinpoche y su esposa tienen dos hijos, una niña, S.E. Jetsunma Ngawang Tsejin Lhamo Sakya y un niño, Khöndung Siddharth Vajra Rinpoche ambos dotados con las cualidades de los seres extraordinarios.
Es el sucesor al trono como sostenedor del linaje Sakya que recibirá próximamente convirtiéndose así en el 43º Sakya Trizin.
